La règlementation nationale, jusqu’à présent, ne prévoyait pas de droit au report ou, en fin de relation de travail (par exemple, départ à la retraite), à indemnisation des congés annuels non pris par un agent en raison d’absences pour maladie.
Néanmoins, comme rappelé en page 204 du Guide Vos Droits édition 2025, la DSJ applique la jurisprudence européenne (arrêt de la CJUE du 21 juin 2012 consacré par le Conseil d’Etat dans un arrêt du 26 avril 2017) et reconnait, dans son « guide des agents des services judiciaires en situation de maladie », que les congés annuels non pris en raison de la maladie sont reportés dans la limite de 4 semaines, sur une période de 15 mois maximum. S’ils ne sont pas pris dans ce délai de 15 mois, notamment à cause d’une prolongation de congé de maladie, les congés annuels sont perdus.
La règlementation nationale vient d’être modifiée pour se conformer à la jurisprudence européenne :
– décret n°2025-564 du 21 juin 2025 relatif aux régimes dérogatoires de report et d’indemnisation des droits à congé annuel dans le fonction publique
– arrêté du même jour relatif aux modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique de l’Etat.
Ainsi, sont insérés au décret n°84-972 du 26 octobre 1984 relatif aux congés annuels des fonctionnaires de l’Etat, les articles suivants:
« Art. 5-1. – Par dérogation aux dispositions du premier alinéa de l’article 5, lorsque le fonctionnaire est dans l’impossibilité, du fait d’un congé pour raison de santé, ou du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, de prendre son congé annuel au cours de l’année au titre de laquelle il lui est dû, il bénéficie d’une période de report de quinze mois, dont la durée peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle du chef de service.
« La période de report débute à compter de la date de reprise des fonctions. Pour les congés annuels acquis pendant un congé pour raison de santé ou un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, elle débute, au plus tard, à la fin de l’année au titre de laquelle le congé annuel est dû.
« A l’exclusion du cas où le fonctionnaire bénéficie d’un report du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, le report est limité aux droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.
« Art. 5-2. – Par dérogation aux dispositions du second alinéa de l’article 5, lorsque le fonctionnaire n’a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail, les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice.
« A l’exclusion des droits non-consommés du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, cette indemnité ne compense que les droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.
« Les modalités de calcul de cette indemnité sont précisées par arrêté du ministre chargé de la fonction publique et du ministre chargé du budget. »
Les dispositions du présent décret sont applicables aux situations individuelles pour lesquelles un droit au report peut être constaté du fait d’un congé dont l’échéance est postérieure à la date d’entrée en vigueur de la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne en matière d’économie, de finances, de transition écologique, de droit pénal, de droit social et en matière agricole.